A trajetória de Charles Xavier após a separação de Erik Lehnsherr em Haifa foi marcada pela consolidação de sua pesquisa acadêmica e por um evento físico determinante para o seu futuro.
Durante uma expedição de estudos pelas cordilheiras do Himalaia, o jovem antropólogo e geneticista deparou-se com uma operação secreta conduzida por Lucifer, um agente da raça alienígena Quist. A criatura, sem qualquer relação com entidades místicas ou infernais, atuava como um batedor extraterrestre encarregado de preparar a Terra para uma invasão em grande escala.

Ao frustrar os planos da invasão alienígena no Tibet, história apresentada em edições posteriores da publicação, Xavier tornou-se alvo de uma retaliação imediata. Lucifer acionou um mecanismo de segurança que fez despencar um imenso bloco de pedra sobre o telepata. O impacto esmagou as pernas de Xavier, resultando na perda permanente dos movimentos de seus membros inferiores.
O acidente forçou o retorno imediato do acadêmico aos Estados Unidos, onde ele passou a depender de uma cadeira de rodas para locomoção e reorientou sua vida para a criação de uma estrutura capaz de acolher a nova espécie de mutantes.

De volta ao estado de Nova York, Xavier adaptou a propriedade de sua família, localizada na região rural de Westchester, para abrigar um centro de treinamento e educação avançada. Sob a fachada do Instituto Xavier para Jovens Superdotados, o local foi equipado com tecnologia de ponta.
Nos subsolos da mansão, o geneticista construiu o supercomputador Cérebro, projetado para amplificar sua telepatia e mapear assinaturas genéticas mutantes pelo mundo, e a Sala de Perigo, um ambiente tático com obstáculos mecânicos, projéteis e estruturas móveis para o aprimoramento dos dons de seus alunos.

A história da primeira turma de estudantes começou anos antes com a jovem Jean Grey. Aos dez anos, a garota sofreu um severo trauma emocional ao presenciar o atropelamento e a morte de sua melhor amiga, Annie Richardson, evento que ativou prematuramente sua telepatia de forma violenta. Em estado de choque, Jean passou a absorver pensamentos e dores das pessoas ao seu redor.
Quando Jean completou 11 anos, seus pais procuraram a ajuda do doutor Xavier, que estabeleceu um tratamento para a garota, criando bloqueios mentais temporários para conter a telepatia e treinando suas habilidades de telecinese até que ela tivesse idade para ingressar na escola sob o codinome Garota Marvel.

Para formar a equipe de campo, Xavier buscou jovens cujas mutações representavam riscos de vida ou isolamento social. O primeiro recruta oficial foi Scott Summers.
Após fugir do orfanato onde cresceu sem o controle de suas rajadas ópticas, Scott acabou sob a influência de Jack Winters, um criminoso mutante conhecido como Jack O’Diamonds, que pretendia explorar seus poderes.
Xavier localizou o garoto, confrontou o criminoso e salvou Scott, apresentando-lhe óculos especiais fabricados com quartzo-rubi. Em agradecimento pela solução técnica e pela oferta de um teto seguro, Scott tornou-se o primeiro aluno oficial do grupo, assumindo o codinome Ciclope.

O segundo integrante recrutado foi Robert Drake. O garoto manifestara a capacidade de congelar a umidade do ar e criar estruturas de gelo. Após usar seus poderes para se defender de uma gangue em Long Island, Bobby foi preso pelas autoridades para sua própria segurança enquanto uma multidão cercava a delegacia.
Xavier enviou Scott para intervir, e o telepata usou seu controle mental para apaziguar os moradores locais e convencer os pais de Bobby a enviá-lo ao instituto sob o codinome Homem de Gelo.

Na sequência, Xavier enviou Scott e Bobby para localizar Warren Worthington III, herdeiro de uma rica família nova-iorquina que já atuava clandestinamente nos céus da cidade sob a alcunha de Anjo Vingador. Dotado de uma fisiologia adaptada para o voo, com ossos ocos e resistentes, visão de altíssima acuidade e asas plumadas de grande envergadura projetadas de suas costas, o jovem possuía a capacidade de atingir velocidades elevadas na atmosfera. Inicialmente relutante em abandonar sua carreira solitária, Warren acabou convencido a integrar o projeto coletivo sob o codinome Anjo.

O grupo completou sua formação inicial com a chegada de Henry McCoy. Nascido com mãos e pés desproporcionalmente grandes e força sobre-humana, o jovem usava suas habilidades físicas no futebol americano universitário.
Naquela fase inicial, Hank ainda conservava uma aparência essencialmente “humana”, sem a pelagem azul que surgiria apenas anos mais tarde em decorrência de uma experiência científica.
Convidado a estudar sua própria condição e continuar seus estudos avançados em bioquímica, Hank aceitou o convite e adotou o nome Fera.

Com os alunos reunidos dividindo a rotina entre o currículo acadêmico e os treinos táticos na Sala de Perigo, Xavier viveu o reencontro com seu antigo algoz na publicação de 1965. O professor localizou Lucifer na Europa e convocou os X-Men para a missão.
Ao se infiltrar na fortaleza alienígena, Xavier descobriu que Lucifer havia ligado o próprio coração a uma gigantesca bomba térmica, garantindo que qualquer ataque fatal acionaria o dispositivo e devastaria o planeta.

A situação ganhou complexidade com a chegada dos Vingadores ao local. Temendo que os heróis atacassem Lucifer e provocassem a explosão involuntária, Xavier ordenou que os X-Men contivessem os Vingadores (Thor, Homem de Ferro, Homem-Formiga, Vespa e Capitão América) temporariamente.
Enquanto as equipes se enfrentavam por um mal-entendido, Xavier incapacitou Lucifer mentalmente e explicou o perigo ao deus Thor, fazendo com que os Vingadores recuassem.
Com o vilão inconsciente, o telepata analisou o mecanismo e orientou Ciclope a disparar sua rajada óptica com precisão milimétrica sobre o fusível do detonador, neutralizando a bomba sem derramamento de sangue e consolidando a filosofia de contenção do Instituto Xavier.